发酵制品:高密度工程菌蛋白质异源表达中常见的问题以及解决方式

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理论上通过基因工程异源表达可以获得任何需要的酶蛋白质,但实际上外源蛋白质的表达经常碰到各种各样的问题而导致表达效率不高,一般蛋白表达的操作流程如下图:

提高大肠杆菌中可溶蛋白的比例需要考虑的问题和策略有:

1降低蛋白质的合成速度

如:①降低培养温度。最适合大肠杆菌生长的温度在37~39℃之间,在此温度下表达外源蛋白极易生成包含体。低温培养条件下表达外源蛋白能有效地增加可溶蛋白的比例,培养温度的下限一般为8~10℃,因为在此温度以下,大肠杆菌将停止生长,蛋白也基本上停止表达。②用弱启动子。③用低拷贝数的质粒作为表达载体。④降低诱导物的浓度。

2 改变华体会体育最新地址 条件

如:①加入能帮助折叠的蛋白质因子;在华体会体育最新地址 中添加甘氨酸能增强外周质蛋白释放到华体会体育最新地址 中,且不引起明显的细菌裂解③在山梨糖醇和甘氨酰甜菜碱存在的渗透压力下培养细菌,可以使可溶性的活性蛋白产量提高多达400倍。

3与相关蛋白共表达

分子伴侣,如GroES-GroEL、DnaK-DnaJ-DrpE, CIpB;折叠酶,如PPI'S (肽酰脯氨酰顺反异构酶)、DsbA (二硫化物氧化还原酶类)、DsbC (二硫化物异构酶)PDI (蛋白质二硫键异构酶)。

目前普遍认为,有效的蛋白质翻译后折叠、多肽装配成寡聚体结构以及蛋白质的转位都是由一种被称为分子伴侣的蛋白来介导的。但是,利用分子伴侣所得到的实验结果并不一致,且伴侣分子的共表达对基因表达的影响似乎都具有蛋白质特异性。有报道表明,将人或鼠的蛋白质二硫键异构酶(PDI)与靶基因共表达,能提高在E.coli细胞质中正确折叠蛋白质的产量。E.coli细胞质中二硫键的形成是由维持氧化还原电势的一组蛋白质来促进的。有人认为DsbA (一种可溶性的细胞外周质蛋白)直接催化蛋白质中二硫键的形成,而DsbB (一种内膜蛋白)则参与DsbA的再氧化。真核生物的PDI能够补充DsbA缺失突变株的表型,但其功能在DsbB突变株中完全丧失。另外,通过额外添加谷胱甘肽可以提高PDI增强靶蛋白产生的能力。这些证据表明, PDI有赖于细菌氧还蛋白来完成自身的再氧化。因此,应根据外源蛋白的特点有选择性地共表达分子伴侣和折叠酶。

4细胞外周质表达和分泌表达

(1)细胞外周质表达

在外周质只有4%的总细胞蛋白,这显然有利于目的蛋白的纯化,外周质的氧化环境有利于二硫键的形成,使蛋白质正确折叠,而胞内则是还原性的环境。H质空间有h叠酶DsbA和DsbC,可以帮助蛋白质的正确折叠,且很少有蛋白酶存在,目的蛋白不会被水解,对细胞有毒性的蛋白可大量存在。

蛋白质通过内膜转运到外周质需要信号肽,在起始密码子和目的基因之间加入信号肽,可以引导目的蛋白穿越细胞膜,避免表达产物在细胞内的过度累积而影响细胞生长,或者形成包含体,而且表达产物是可溶的活性状态,不需要复性。通常这种分泌只是分泌到细胞膜和细胞壁之间的周质空间。

(2)分泌表达

将蛋白质分泌到细胞外易于纯化目的蛋白质,减少细菌的蛋白酶对目的蛋白质的裂解。但是E.coli在正常情况下只有很少量的蛋白质分泌到细胞外。要解决蛋白质外泌方面的难题,必须弄清E.coli的分泌途径。在E.coli中将蛋白质分泌到华体会体育最新地址 中的方法大致分为两类:1利用已有的“真正”的分泌蛋白所采用的途; 2信号列融合伴侣和具有穿透能力的因子。第一种方法具有将目的蛋白质特异性分泌的优点,并最小限度地减少了非目的蛋白的污染。第二种方法依赖于有限渗透的诱导而导致蛋白质的分泌。通常情况下,外泌蛋白质的产量是中等的。

5表达载体的选择和设计

目前已有多种用于大肠杆菌系统的表达载体,从开始涉及表达的时候可以根据是否要用基因本身的起始密码子进行选择,可选用pET-21 (+) 、pET-24 (+)等载体。如果打算利用载体的起始密码子,那么就有更多的选择。亦可根据是否要可溶性表达,选择加有不司标记的载体。一般说来,在大肠杆菌中不加标记,外源蛋白都会以不溶的包含体形式表达。为了让外源蛋白融合表达,一般说来有三个策略: ①与一个高度可溶的多肽联合在一起表达,比如:谷胱甘肽S转移酶(glutathione Stransferase, GST) 、硫氧还蛋白(thioredoxin, Trx) 。②转入一个酶催化二硫键的形成,如:硫氧还蛋白、DsbA。 DsbC。③插入一个定位到周质空间的信号序列。不同载体提供不同的标记,有的可以同时带有多个标记。如果不希望在蛋白的N末端加入任何的多肽,可以直接从起始密码子后插入外源片·段,或者在得到表达产物后利用蛋白氨基酸的酶切位点把多余的多肽切除。

表达双外源蛋白的载体有pCDFDuet-1 DNA, pETDuetTM-1DNA, pRSFDuet-1 DNA。这些载体含有两个不同的多克隆位点,可以插入两个外源蛋白基因,利用单独的T7启动子、乳糖操纵子和核糖体结合位点进行表达。载体转化进入合适的菌株中最多可以同时表达8个外源蛋白。

质粒上的元件包括启动子、多克隆位点、终止密码子、融合Tag (如果有的话)、复制子、筛选标记/报告基因等,在进行表达工作之前要做充分的分析,以确认所选载体是否合适。通常表达载体都会选用高拷贝的复制子。pSC101类质粒是以严谨方式复制的,拷贝数低, pCoE1, pMBI (pUC)类的复制子的拷贝数高达500以上,是表达载体常用的。通常情况下质粒拷贝数和表达量是非线性的正相关,当然也不是越多越好,超过细胞的承受范围反而会损害细胞的生长。如果碰巧需要2个质粒共转化,就要考虑复制元是否相容的问题。

氨苄青霉素抗性是最常见的筛选标记,卡那霉素次之,而四环素、红霉素和氯霉素等已经很少使用。抗性基因的选择要注意是否会对研究对象产生干扰,比如代谢研究中要留意抗性基因编码的酶是否和代谢物相互作用。在表达筛选中要注意的问题应该就是LB倒板前加抗生素的温度,温度过高容易导致抗生素失效。

启动子的强弱是对表达量有决定性影响的因素之一,能在E.coli中发挥作用的启动子很多。这些启动子必须具有适合高水平蛋白质合成的某些特性。首先启动子的作用要强,待表达基因的产物要占或超过菌总蛋白的10%~30%;其次,它必须表现最低水平的基础转录活性。若要求大量的基因表达,最好选用高密度培养细胞和表现最低活性的可诱导和非抑制启动子。如果所表达的蛋白质具有毒性或限制宿主细胞的生长,选用可抑制的启动子则至关重要。

转录终止子对外源基因在大肠杆菌中的高效表达有重要作用--控制转录的RNA长度以提高稳定性,避免质粒上的异常表达导致质粒的稳定性下降。在启动子上游的转录终止子还可以防止其他启动子的通读,降低本底。

在原核生物中,转录终止有两种不同的机制,一种是依赖六聚体蛋白rho的rho依赖性转录终止,rho蛋白能使新生RNA转录本从模板解离。另一种是rho非依赖性转录终止,它特异性依赖于模板上编码的信号,即在新生RNA中形成发卡结构的一回文序列区和位于该回文序列下游4~9bp处的dA, dT富含区。

6特殊表达菌

大致分为以下几个种类。

(1)蛋白酶缺陷型

所有B菌株的衍生株都是lon蛋白酶和ompT蛋白酶缺陷型的,这包括B834BL21, BLR OrigamiTMB,RosettaTM和TunerTM,因此,在纯化时可以保持蛋白的稳定不被降解。BL21 (DE3)是应用最多的表达菌株。另外, 它的衍生株BLR (DE3)是recA, RecA是大肠杆菌中介导同源重组的重要蛋白之一它的缺失,可以保证质粒的稳定。

(2)保证所有细胞以同样的量进行表达

TunerTM株及它的衍生株(OrigamiTMB和RosettaM)是BL21菌株的lacY1缺失突变型,在这些菌株中可以使蛋白以同样的水平在所有细胞中表达。Lac渗透酶的突变使进入每个细胞的IPTG量都是一致的,这样i蛋白表达浓度可以随着IPTG浓度而改变。通过对IPTG浓度的控制可以使细胞微量表达或者大量表达。一般说来,低浓度表达有利于蛋白的可溶性和活性。

(3)二硫键的形成与溶解性增强

二硫键的形成对某些蛋白的可溶性起到重要的作用,有一些菌株是谷胱甘肽还原酶(gor)和/或硫氧还蛋白还原酶(trxB)缺陷型的,包括AD494, BL21trxBOrigami。 Origami B和RosettagamiTM,在这些菌株中表达蛋白,可以更大程度地促进二硫键的形成,并使蛋白以可溶形式和有活性形式出现的可能性增加。

(4)稀有密码子的补给

不同物种有不同的密码子偏爱性,如果外源蛋白中含大量大肠杆菌的稀有密码子,特别是当这些稀有密码子呈连续分布的时候,就会造成蛋白表达量极低,或者翻译提前终止。RosettaTM是为了表达真核蛋白而特别设计的,它含有大肠杆菌稀有的密码子tRNA,包括AUA, AGG、AGA, CUA, CCC和GGA。它们以氯霉素抗性的质粒形式存在。Rosetta系列来自BL21lacY1,所以它具有BL21lacY1的所有特性。

(5)硒蛋氨酸标记

B834是来源于B121的甲硫氨酸(met)营养缺陷型菌株。它在高度特异活性35S-met标记和晶体成像甲硫氨酸标记中非常有用。

7融合表达

表达载体的多克隆位点上有一段融合表达标签(Tag) ,表达产物为融合蛋白(分N端或者C端融合表达),方便后续的纯化步骤或者检测。对于特别小的分子,建议用较大的Tag (如GST)以获得稳定表达;而一般的基因多选择小Tag以减少对目的蛋白的影响。His-Tag是最广泛采用的Tag。

8基因或者蛋白的大小

一般说来分子量小于5000或者大于100000的蛋白都是难以表达的。蛋白越小,越容易被降解。在这种情况下可以采取串联表达,在每个表达单位(即单蛋白)间设计蛋白水解或者是化学断裂位点。如果蛋白较小,那么加入融合标签GST, Trx, MBP或者其他较大的促进融合的蛋白标签就较有可能使蛋白正确折叠,并以融合形式表达。对于另一个极端,大于60000的蛋白建议使用较小的标签,如6x组氨酸标签。

9密码子的偏爱性优化

原核生物和真核生物的基因对同义密码子的使用均表现非随机性。对E.coli中密码子的使用频率进行系统分析得到以下结论:①对于绝大多数的简并密码子中的一个或两个具有偏好; ②无论蛋白质的含量多少,某些密码子对所有不同的基因都是最常用的,例如CCG是脯氨酸最常用的密码子;③高度表达的基因比低表达的基因表现更大程度的密码子偏好,同义密码子的使用频率与相应的tRNA含量有高度相关性。这些结果暗示,富含E.coli不常用密码子的外源基因有可能在E.coli中得不到有效的表达。研究表明,通过用常用密码子替换稀有密码子或与“稀有" tRNA基因共表达可以提高外源基因在E.coli中的表达水平。已知序列的绝大部分(91%)E.coli基因的翻译起始区均含有起始密码子AUG,GUG的利用率为8%, 而UUG的利用率则为1%。

枯草芽孢杆菌作为基因工程表达系统发展迅速,其优点为:安全,序列已知,便于操作,无明显的密码子偏爱性和易于表征。枯草芽孢杆菌表达系统的构成涉及了启动子的选择,核糖体结合位点及信号肽的设计。影响外源基因在枯草芽孢杆菌系统中表达的因素主要包括表达载体的选择以及蛋白分泌能力的影响。①选择分子量小、有唯一的酶切位点、较高的拷贝数和适合筛选的抗性标记的载体,其中使用广泛的有Pub110, Pc164和pE194等。②选择可以在菌体中进行穿梭的质粒进行起始克隆,方便基因操作。③选择稳定性好的质粒载体。比如pHB201是由枯草杆菌隐性质粒PTA1060和pUC19构成的穿梭质粒,其在连续传代和发酵罐培养中都比较稳定,许多用于构建大肠杆菌载体的方法也被用于芽孢杆菌载体的构建。这些技术的应用使得芽孢杆菌质粒载体更加完善。影响蛋白分泌能力的因素主要有: ①有效分子伴侣的缺乏影响蛋白的分泌,甚至在胞质中形成包含体;一些信号肽的合成受到时序调节,使得某些外源蛋白的分泌和信号肽酶的合成一致而造成信号肽的切除; ③连接在膜外促蛋白折叠因子PrsA的数量影响外源蛋白的高分泌; ④蛋白酶的降解导致外源蛋白的低产率;⑤细胞壁成为某些蛋白的分泌屏障。

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