大肠杆菌DH5做克隆或保存质粒用，BL21用来做原核表达用。当然也有人用DH5a做表达也能表达出来。也有人用BL21保存质粒的，但时间久了，质粒容易丢失。你要是做原核表达的话，应该会现用前者克隆得到重组质粒，转化入后者进行表达

ØBL21是一种适合于外源蛋白表达的菌株，其内源性的蛋白酶基因缺失，

ØBL21（DE3），在B21的基础，整合了T7噬菌体基因组，适合T7表达系统；

ØBL21（DE3）PLySs，在BL21(DE3)基础，附带了T7溶菌酶基因，可以更为严谨控制T7聚合酶的表达。

(1)DH5a菌株

DH5a是一种常用于质粒克隆的菌株。EcoliDH5a在使用pUC系列质粒载体转化时，可与载体编码的一半乳糖苷酶氨基端实现一互补。可用于蓝白斑筛选鉴别重组菌株。基因型:F-，80dlacZΔM15，(lacZYA-argF)U169,deoR,recA1,endA1，hsdR17(rk-，mk+)，phoA，supE44，-thi-1,gyrA96，relA1

(2)BL21(DE3)菌株

该菌株用于高效表达克隆于含有噬菌体T7启动子的表达载体(如pET系列)的基因。T7噬菌体RNA聚合酶位于入噬菌体DE3区，该区整合于BL21的染色体上。该菌适合表达非毒性蛋白。基因型:F-，ompT，hsdS(rBB-mB-)，gal，dcm(DE3)

(3)BL21(DE3)pLysS 菌株

该菌株含有质粒pLysS，因此具有氯霉素抗性。PLysS含有表达T7溶菌酶的基因，能够降低目的基因的背景表达水平，但不干扰目的蛋白的表达。该菌适合表达毒性蛋白和非毒性蛋白。基因型:F-，ompThsdS(rBB-mB-)，gal,dcm(DE3，pLysS，Camr

如果你的质粒是T7启动的（著名的pET表达系统）就应该用(DE3）的菌株，比如BL21(DE3),JM109(DE3)，BL21中没有融合如T7噬菌体RNA聚合酶，所以不能能用于该类型的质粒表达，但是可以用于该类型质粒的克隆。BL21（DE3）plyss中附带一个小质粒，目的是使表达严谨。其表达作用同BL21（DE3）

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